Năm 1948, trong cuộc kháng chiến chống Pháp xâm lược các cơ quan trở về căn cứ cách mạng Việt Bắc, Vũ Khúc cũng được tuyển về công tác tại văn phòng Khu đoàn Thanh Niên Cứu quốc Liên khu Việt Bắc. Khi đó những thanh niên có trình độ học vấn trung học như Vũ Khúc không nhiều, nên sau đó theo nhu cầu xây dựng mạng lưới giao thông phục vụ chiến trường, Vũ Khúc được cử đi học Kỹ thuật Giao thông (1952-1953). Hoàn thành lớp học, anh tham gia khảo sát và xây dựng những con đường chiến lược phục vụ cho các chiến dịch Tây Bắc và Thượng Lào, như đường Vạn Yên - Xồm Lồm (Sơn La) và đường Sầm Nưa - Bản Ban (Thượng Lào). Bằng công sức lao động gian khổ trong điều kiện chiến tranh ở núi rừng Tây Bắc và Thượng Lào, Vũ Khúc đã góp phần mình trong xây dựng những con đường chiến lược phục vụ chiến dịch Điện Biên lịch sử.