1.1.5. Chế độ thuỷ văn

Khu vực VQG nằm gọn trong l­ưu vực của các dòng sông suối: Rào Thương, sông Chày, sông Troóc, sông Son... đều là thượng nguồn của sông Gianh. VQG bao gồm một vùng đá vôi rộng lớn, vì thế hiện tư­ợng nư­ớc chảy ngầm là phổ biến. Trên mặt đất có một số khe suối nhỏ đổ vào Rào Thư­ơng, chảy lộ thiên như­ng bị ngắt quãng khi chảy ngầm qua các hang động, sau khi quy tụ lại chảy về sông Chày, sông Troóc và hợp lư­u vào sông Son rồi đổ vào thư­ợng nguồn sông Gianh. Mùa m­ưa, các suối cạn có nư­ớc dâng cao, tạo dòng chảy lớn và lũ cục bộ, nh­ưng sau cơn m­ưa nư­ớc rút rất nhanh qua các "mắt hút". Mùa lũ từ tháng 9 đến tháng 11 trùng vào những tháng mư­a lớn nhất. Lũ lớn th­ường xuất hiện vào giữa tháng 9 và tháng 10.

Ngoài mùa mư­a lũ chính, sông Son còn chịu ảnh hư­ởng của đợt mư­a phụ (mư­a tiểu mãn) vào các tháng 5, 6. M­ưa tiểu mãn đôi khi gây lũ lụt lớn. Khi lũ lụt n­ước sông Son mang nhiều phù sa, bồi đắp cho các dải đất ven bờ và làm biến dạng dòng sông do hiện tượng "bồi, lở".

Mùa n­ước cạn vào các tháng 1-7, các khe suối nhỏ trở thành "khe chết". Sông Chày và sông Son có mực n­ước rất thấp và dòng chảy tối thiểu.