6.3.7. Đa dạng nhóm Cá (Pisces)
So sánh với nhiều khu bảo tồn khác của Việt Nam, khu hệ cá Phong Nha - Kẻ Bàng có số loài nhiều nhất, 72 loài thuộc 23 họ và 11 bộ (trong khi đó VQG Bạch Mã có 33 loài, VQG Ba Bể 42 loài, khu BTTN Vụ Quang có 58 loài, BTTN Pù Mát 54 loài). Sự phong phú của các loài cá có nguyên nhân ở chỗ Phong Nha - Kẻ Bàng có địa hình phức tạp, nhiều sông suối bị cách ly và nhiều sinh cảnh, do đó ở đây có cả các loài cá sông suối, cá vùng núi cao, cá đồng bằng và cả cá biển di nhập vào. Có 4 loài cá đặc hữu hẹp chỉ gặp ở Phong Nha - Kẻ Bàng và vùng lân cận là cá dầy (Cyprinus centralus), cá gáy hoa (Cyprinus sp.), cá Phong Nha (Chela quangbinhensis) và cá nghét (Hemibagrus vietnamensis). Tại đây cũng mới phát hiện 1 loài mới gặp ở Việt Nam là Hemimyzon sinensis và 1 loài mới cho khoa học là Chela quangbinhensis.
Một loài cá có giá trị kinh tế ở Phong Nha - Kẻ Bàng là cá chình (Anguilla bengalensis). Chúng thường trú ẩn trong các hang hốc núi đá dọc các sông suối trong khu vực. Giống cá chình (Anguilla) đã được biết đến nhiều ở vùng Bắc Âu do có giá trị kinh tế cao và thịt ngon, và do khả năng di cư của chúng từ Bắc Âu trở về lục địa châu Âu. Tại Phong Nha - Kẻ Bàng, hàng năm dân chài bắt được từ 30 đến 70 con, nặng 3 đến 7 kg, nhưng chúng có di cư như cá chình Âu châu hay không còn là điều bí ẩn.