6.1.1. Rừng kín thường xanh
nhiệt đới ẩm trên núi đá vôi dưới
độ cao 800 m
Với diện tích 110.476 ha, đây là kiểu rừng có diện tích lớn nhất chiếm 74.7% tổng diện tích tự nhiên của VQG, phân bố thành mảng lớn ở vùng trung tâm. Có thể nói gần như toàn bộ địa h́nh núi đá vôi của khu vực đều được phủ kín bằng kiểu rừng này. Thành phần thực vật chủ yếu ở đây là các họ nhiệt đới. Nhưng nếu so với các VQG Cúc Phương, Ba Bể, Cát Bà cũng là rừng núi đá, th́ Phong Nha - Kẻ Bàng có những đặc điểm khác biệt về thành phân loài. ở đây, sự ưu thế của các loài thuộc các họ như: dẻ (Fagaceae), re (Lauraceae) như ở Cúc Phơng không thấy có mặt. Các loài dễ thấy ở Cúc Phương, Ba Bể như: cḥ xanh (Terminalia myriocarpa), vù hương (Cinnamomun balansae), táu nước (Vatica subglabra), cà ổi (Castanopsis indica), xé da voi (Dysoxylon cochinchinensis), thung (Tetrameles nudiflora), cḥ chỉ (Shorea sinensis), trín (Schima), cọ thé (Albizia lucida)... lại ít gặp ở Phong Nha - Kẻ Bàng. Ngược lại ở đây xuất hiện các loài đặc trưng khác như sao mặt quỉ (Hopea mollissima), sao đá Hopea sp., nàng hai (Sumbaviopsis albicans), trai (Garcinia fragraeoides), mùng quân (Flacourtia rukam), nghiến (Burretiodendron hsienmu), hoàng đàn giả (Dacrydium pierrei), lát hoa (Chukrasia tabularis), sên đào (Photinia arboreum). Về họ, các họ sau có số loài chiếm ưu thế, trước hết là họ Ba mảnh vỏ (Euphorbiaceae) vừa có nhiều loài vừa có nhiều cá thể tham gia trong tổ thành, sau đó là các họ Xoan (Meliaceae), họ Bồ ḥn (Sapindaceae), họ Côm (Elaeocarpaceae), họ Dâu tầm (Moraceae), họ Xoài (Annacardiaceae), họ Thị (Ebenaceae). Thực vật hạt trần (Gymnospermae) chỉ xuất hiện lẻ tẻ trên các vách đá với loài tuế núi đá (Cycas balansae) và trong các hẻm đá có đất bồi có hoàng đàn giả (Dacrydium pierrei) và kim giao (Nageia fleuryi). Tầng cỏ quyết hoặc thân thảo cũng đóng một vai tṛ quan trọng trong việc phân huỷ núi đá tạo thành đất mùn nh các loài thuộc các họ Ngũ gia b́ (Araliaceae), Thu hải đường (Begoniaceae), Gai (Urticaceae), Ráy (Araceae), Gừng (Zingiberaceae), Bóng nước (Balsaminaceae)...
Trong rừng, hiện tượng rễ nổi, rễ bạnh, hoa quả trên thân rất phổ biến. Trên các vách đá vẫn có nhiều cây bám trên các hẻm nhỏ và phát triển, nhưng hầu hết là cây nhỏ như cây bụi, thân cong vặn, tuổi thọ lâu năm. Nếu v́ lư do nào đó loại rừng này bị tiêu diệt có lẽ phải mất vài trăm năm mới hồi phục lại.
Hiện tượng tái sinh thường chỉ xuất hiện cục bộ trong các hang hốc, khe rănh có đất lắng đọng.
Rừng phân thành 3 tầng rơ rệt:
Tầng sinh thái: bao gồm các cây có kích thước lớn phổ biến là sấu (Dracontomelum dupperreanum), trám (Canarium album), trường (Mischocarpus oppositifolius), trâm (Syzygium cuminii), côm (Elaeocarpus dubius), gội (Aglaia gigantea), táu đá (Hopea sp.), nghiến (Burretiodendron hsienmu), mun sọc (Diospyros salettii),... Đường kính phổ biến của các cây gỗ trong tầng này thường trên 50 cm. Ở các lập địa chân dông th́ phổ biến là dầu ke (Dipterocarpus kerri). Tuy mật độ thưa nhưng cây có tầm vóc lớn (D = 70-120 cm, H= 30-50 m).
Tầng dưới tán: Cây gỗ nhỏ hơn hẳn (thường 15-18 cm) nhưng lại chiếm ưu thế về số cây trong quần thụ với mật độ khá dày, tầng tán liên tục. Phổ biến là các loài: nàng hai (Sumbaviopsis albicans), máu chó (Knema corticosa), hoa cải (Trigonostemon sp.), bọt ếch thân gỗ (Glochidion sp.). Các loài thuộc họ Ba mảnh vỏ xuất hiện nhiều: lá nến (Macarenga sp.), c̣ ke (Grewia sp.), một số loài của họ Cam (Rutaceae), họ Re (Lauraceae), như bời lời mới (Neolitsea sp.), nanh chuột (Cryptocarya lenticellata), vạng (Endospermum chinense), chẹo (Engelhardtia roxburghiana)...
Tầng thảo quyết: xuất hiện nhiều ở các lập địa ẩm. Các loài cây phổ biến là: thu hải đường (Begonia), bóng nước (Impatien), các loài thuộc họ Gesneriaceae như lá thuyền (Curculigo)...
Do lâm phần có lượng mưa lớn, đặc biệt là ở các thung lũng, có tầng đất sâu luôn ẩm, nên thảm thực vật phát triển rất tốt và dày. Trạng thái rừng này là sinh cảnh lư tưởng cho các loài động vật như: nai, hoẵng, gấu, tê tê, cầy bay, chồn mực, các loài chim đặc biệt họ Gà và đặc biệt hơn nữa là loài linh trưởng trong đó có voọc Hà Tĩnh sinh sống và ẩn náu.